Le spyware s'exécute souvent automatiquement au démarrage de Windows et mobilise donc en permanence une partie des ressources du système. Pour collecter certaines données, les spywares peuvent également être amenés à modifier des fichiers vitaux gérant par exemple les accès à internet, ce qui peut conduire à des dysfonctionnements importants en cas d'échec de l'installation ou de la désinstallation du spyware. Certaines fonctionnalités annexes comme la mise à jour automatique peuvent aussi représenter un danger pour la sécurité de l'utilisateur, en permettant le téléchargement et l'installation à son insu d'un autre programme ou d'un autre spyware, voire d'un programme hostile dans le cas du détournement du système par une personne malveillante.