La historia de la festividad comenzó con la fundación misma de la ciudad, en abril de 1592, cuando Fray Francisco de Vittoria, obispo del Tucumán, oficiaba misas y llevaba la palabra de Dios a conquistadores y conquistados, en su paso hacia Lima. Una vez en España, el obispo hizo tallar por hábiles artesanos una imagen de Jesús crucificado y otra de Nuestra Señora del Rosario, y envió la primera a la iglesia matriz de Salta y la otra a Córdoba.

Pero hacia fines del mismo año, un grupo de personas divisó desde el puerto del Callao, en Perú, dos cajones flotando sobre las aguas marinas, en cuyo interior estaban las imágenes, que poco después fray Francisco llevó a los destinos previstos.

El Cristo permaneció cien años olvidado en la iglesia salteña junto a una imagen de la Virgen María y de otros santos, hasta que en 1692 fuertes temblores sacudieron gran parte del territorio salteño.

La tradición dice que el padre José Carrión decidió sacar la imagen del Cristo y pasearla por las calles, para que la gente le implorara que cesaran los movimientos de la tierra, que de inmediato se aquietó. La historia dice que en el interior del templo, pese a los temblores, la imagen de la Virgen María seguía intacta, a los pies del altar, con la cara vuelta hacia el sagrario y con expresión de angustia y súplica, mientras que las otras imágenes habían rodado por el suelo y estaban rotas.

Esto marcó el inicio de la veneración a las imágenes, que pasaron a ser el Señor y la Virgen del Milagro y luego se convirtieron en los patronos tutelares de Salta.

Cada mes de setiembre toda Salta se tiñe de milagro, y se pueden ver gran cantidad de turistas y devotos que recorren las calles de la ciudad y la catedral basílica para vivir el profundo significado de la festividad religiosa.